在 南京地铁12个换乘站点中，只有南京地铁3号线上新街口站与南京地铁9号线一期汇通路站两个站点是位于地下二层(F2)的，其余十个站点均为地上两层(F2/F3)或地下一层(F1)的岛式站台。 而S3宁和线是一条高架线路，所以从地下层的地铁站到 S3线 高架段需要在地面乘摆渡车进行接驳，一般是在 P+R停车场 的地下二层进行换乘。
P+R（Park and Ride）即“停车+公交换乘”模式，是指人们驾车前往临近公交停靠站的停车场，然后乘坐地铁或公交车到达目的地。这一模式有利于解决大城市出行“最后一公里”的难题，同时可以有效缓解城市交通的压力。 目前南京有6家P+R停车场正在运营当中，分别是仙林中心、南京南站、安德门、中山北路、迈皋桥和新街口。
其中，仙林中心和南京南站是与S3线无缝对接的，也就是说乘客下了火车或者飞机之后，可以直接步行至P+R停车场乘车。具体的位置可以在手机地图上搜索“P+R停车场”。 其他几个需要乘摆渡车的站点，可以乘坐元通站—安德门站的夜班地铁进行往返，末班车时间为23点。
公孙吉雨优质答主地铁2号线到新街口站下车，站内换乘1号线，乘至鼓楼，下地铁后在地铁鼓楼站乘坐地铁s3号线，直达南站。全程共16站，约42分钟。
地铁s3线途经站台：南京南站，宏运大道站，东郊小镇站，吉印大道站，九龙湖站，诚信大道站，双龙大道站，明发广场站，柳洲东路站，泰山新村站，五塘广场站，红山动物园站，富贵山站，北京东路站，新模范马路站，鼓楼站。
南京南站介绍：该站是南京地铁1号线、南京地铁3号线、南京地铁s1号线、南京地铁s3号线的交汇站、同时也是宁和城际一期工程的预留换乘站，位于南京市江宁区和雨花台区交界处的地下。
本站站厅长179.21米，净宽24.7米，净空4.75米，位于地铁南京南站的中间通道下方，与国铁进出站厅同层。该站因紧邻南京南机场轨道线车站，且两站间距离较短，故无法实现站内换乘，需先出闸机后在铁路进站层国铁出站通廊内换乘。本站为地下岛式月台车站，位于铁路出站通廊下方，设有15米宽6.42米高的月台大厅，与南、北站房两条2.1米宽的行人自动回转输送机连接。
本站目前暂不能直达南京禄口国际机场T1、T2航站楼，出站后需走850米至铁路南广场公交枢纽搭乘夜间机场专线（东广场6号口出、北广场站8号口出），或搭乘地铁s1号线至翠屏山站换乘免费接驳车。
